Ανησυχείτε μήπως σχεδιάσετε έναν κατασκευαστή cladogram από το τραπέζι; Εδώ είναι μερικοί κατασκευαστές κλαδογράμματος που μπορούν να βοηθήσουν πολύ.
Όταν ήμασταν παιδιά, όλοι διαβάζαμε στη Βιολογία ότι όλοι σχετίζονται μεταξύ τους με κάποιο τρόπο, όπως οι πίθηκοι είναι οι πρόγονοι των ανθρώπων, έχουμε σχέση με την τροφική αλυσίδα και πολλά άλλα.
Το δέντρο κλαδόγραμμα αντιπροσωπεύει τις προγονικές σχέσεις μεταξύ των οργανισμών που βασίζονται σε αλληλουχίες DNA, φυσικά χαρακτηριστικά και φαινοτύπους. Είναι ένα εξελικτικό δέντρο που επιτρέπει σε κάποιον να κατηγοριοποιήσει κάθε clade με βάση παρόμοια χαρακτηριστικά, εξελικτικές αφηγήσεις και προσαρμογή. Η πιο πιθανή υπόθεση αποφασίζεται με βάση τα κλαδογράμματα που συγκρίνονται και σχεδιάζονται.
Χρησιμοποιεί γραμμές για να αναπαραστήσει τις κατευθύνσεις του clade με άλλους προγόνους ή ομάδες οργανισμών. Μπορεί κανείς εύκολα να εντοπίσει τις γραμμές προς την αρχική και την τελική κλώνα που αντιπροσωπεύει τους υποθετικούς προγόνους.
Εάν απαιτείται, οι οργανισμοί χωρίζονται με βάση το μοριακό και μορφολογικό επίπεδο χρησιμοποιώντας δεδομένα συμπεριφοράς (για ζώα). Οι αλγόριθμοι δημιουργίας κλαδογράμματος χρησιμοποιούνται για την εκτέλεση εργασιών βελτιστοποίησης με βάση τα δεδομένα εισόδου. Ο στόχος είναι να λυθεί το πρόβλημα του καθολικού ελάχιστου, προτιμάται η προσομοίωση της ανόπτησης που διασφαλίζει την εξεύρεση μιας βέλτιστης λύσης.
Με αυτά τα λόγια, εδώ είναι η λίστα των εργαλείων κλαδογράμματος που μπορεί κανείς να επιλέξει.
Πίνακας περιεχομένων
Creately
Οραματιστείτε εύκολα τις σχέσεις με Creately Κατασκευαστής κλαδογράμματος για την αναπαράσταση της σύνδεσης μεταξύ των ειδών. Βοηθήστε να προσδιορίσετε και να απεικονίσετε αποτελεσματικά τις φυλογενετικές σχέσεις. Είναι ένας πολύ καλός τρόπος να αναπαραστήσετε διάφορα βιολογικά είδη με χαρακτηριστικά όπως:
- Εικόνες PDF, SVG και PNG για εξαγωγή για εκτύπωση και κοινή χρήση
- Πολλαπλά πρότυπα για το φυλογενετικό και το κλαδόγραμμα
- Εύκολη απεικόνιση των σχέσεων σε καμβά
Προσφέρει εκτεταμένες βιβλιοθήκες σχημάτων, συμπεριλαμβανομένων διχοτόμων κλειδιών, τροφικών ιστών, φυλογενετικών δέντρων και πολλαπλών προτύπων για ομαδοποίηση οργανισμών. Το εργαλείο παρέχει απλές δυνατότητες μεταφοράς και απόθεσης για τη δημιουργία σχέσεων χωρίς κόπο με προηγμένη μορφοποίηση κειμένου και ρυθμιζόμενα έγχρωμα θέματα.
Προσφέρει δημιουργικά μεταφορά και απόθεση εικόνων ζώων και δυναμικές συνδέσεις για την απρόσκοπτη επέκταση, περιστροφή και αλλαγή μεγέθους διαγραμμάτων. Δημιουργήστε δυναμικά κλαδογράμματα με ενσωματωμένες εικόνες Google για να συγκεντρώσετε δεδομένα έρευνας γεμάτα με άπειρο καμβά, καθολική αναζήτηση πλήρους κειμένου, ενσωματωμένα εργαλεία και έναν ευέλικτο πίνακα.
Είναι εύκολο να συνεργαστείτε με άλλους χρησιμοποιώντας δρομείς σε πραγματικό χρόνο, τις ενότητες σχολίων για συζήτηση και τηλεδιάσκεψη.
Insight Maker
Insight Maker είναι μια απλοποιημένη μορφή κατασκευής μοντέλων σε προγράμματα περιήγησης ιστού. Κάποιος μπορεί εύκολα να δημιουργήσει διαγράμματα casual loop και πλούσιες εικόνες, κάνοντας προσομοιώσεις για οποιαδήποτε απαίτηση με το Insight Maker. Βοηθά στην γρήγορη τόνωση της αλληλεπίδρασης του πληθυσμού και καθορίζει τη συμπεριφορά του πράκτορα.
Το Insight Maker είναι εύκολο στη χρήση:
- Ξεκινήστε το εργαλείο σε ένα πρόγραμμα περιήγησης ιστού χωρίς να απαιτούνται πρόσθετα ή λήψεις
- Τοποθετήστε τις ιδέες σας στον καμβά για να δημιουργήσετε μοντέλα προσομοίωσης, πλούσιες εικόνες και πληροφορίες
- Χρησιμοποιήστε αλγόριθμους προσομοίωσης για να ξεκινήσετε με μοντελοποίηση βασισμένη σε πράκτορες και δυναμικό σύστημα
- Συνεργαστείτε με την ομάδα και αφήστε τους να σας στείλουν τα στοιχεία και για τα σχέδια
- Φτιάξτε τα μοντέλα δωρεάν και αξιοποιήστε τη δύναμη της δημιουργικότητας
Επιπλέον, οι χρήστες μπορούν να πάρουν μια ιδέα για τα κλαδογράμματα και να ελέγξουν τι δουλεύουν οι άλλοι. Θα τους βοηθήσει να κάνουν καταιγισμό ιδεών και να βρουν την καλύτερη λύση.
Γκούλιφορντ
Χρησιμοποιήστε το SimpleClade με Γκούλιφορντ για να καταλήξουμε σε μια ιδανική κλαδιστική ανάλυση. Προσφέρει μια γραφική διεπαφή χρήστη για να σχεδιάσει μια απλή μέθοδο εργασίας στην τάξη παλαιοντολογίας. Μαζί με αυτό, το εργαλείο είναι εύκολο στη χρήση, εγκαταστήστε το λογισμικό και ξεκινήστε να το χρησιμοποιείτε αμέσως.
Οι χρήστες μπορούν να δημιουργήσουν το αρχείο δεδομένων CSV και να ξεκινήσουν τη δημιουργία των clades. Η όλη διαδικασία χρήσης του κελιού περιλαμβάνει τη διαφοροποιητική τιμή που μπορεί κανείς να μάθει γρήγορα. Οι χρήστες μπορούν να επισημάνουν το clade “UNUSED” που δεν χρησιμοποιούν και να εισάγουν την τιμή άλλων κλάδων.
Οι χρήστες μπορούν να ξεκινήσουν με λειτουργίες προγράμματος και να επιλέξουν κόμβους που μπορούν να εξηγήσουν το ερώτημά τους, να αλλάξουν τη σύνδεση εάν απαιτείται, να υπολογίσουν στατιστικά στοιχεία φειδωλότητας, να συνδέσουν οριζόντιο στέλεχος ρίζας για την εξωτερική ομάδα και να δουν την αλλαγή της κατάστασης χαρακτηριστικών.
IUBio
IUBio είναι ένα άλλο δημοφιλές εργαλείο που χρησιμοποιείται για την κατασκευή κλαδογραμμάτων, ευρωγραμμάτων, swoopogram, curvogram, φαινογραμμάτων και διαγραμμάτων δέντρων. Είναι εύκολο στη χρήση, ανεβάστε το αρχείο δέντρου (ή επικολλήστε τη διεύθυνση URL), αναφέρετε τον τίτλο και υποβάλετε τις λεπτομέρειες.
Οι χρήστες μπορούν επίσης να επιλέξουν τις πρόσθετες επιλογές στο IUBio για να λάβουν το επιθυμητό αποτέλεσμα, όπως URL βάσης για ετικέτες, στυλ, γραμματοσειρά, μέγεθος κ.λπ. Επιτρέπει επίσης στους χρήστες να επιλέξουν από την ανάπτυξη δέντρου και τη θέση κόμβου για να του δώσει μια καλή εμφάνιση.
Το διαδικτυακό εργαλείο ασχολείται με πολλά πράγματα όπως τα Arthropods, DroSpeGe, enGenes, wFleaBase και πολλά άλλα. Προσφέρει δημόσια πρόσβαση στους χρήστες της βιοπληροφορικής και της μοριακής βιολογίας. Το IUBio περιλαμβάνει Drosophila Genome, Sequence Analysis, μετατροπές βιοαλληλουχιών και επεξεργαστές για οποιαδήποτε χρήση.
συμπέρασμα
Οι κατασκευαστές κλαδογραμμάτων από δέντρα επιτρέπουν σε κάποιον να αναπαραστήσει τις εξελικτικές γενεαλογίες με κλαδιά και τον αριθμό των γενετικών αλλαγών για υποκαταστάσεις νουκλεοτιδίων. Είναι επίσης εύκολο να αναπαραστήσετε τους υποσταθμούς με βάση τις % αλλαγές στην ακολουθία.
Μαζί με αυτό, η δομή του δέντρου πρέπει να διατηρηθεί κατά την εστίαση σε κλαδιά και κόμβους (εσωτερικοί και εξωτερικοί κόμβοι – φύλλα και άκρες). Το διάγραμμα περιλαμβάνει επίσης το μοριακό ρολόι για να βρεις τους απόλυτους κοινούς προγόνους.
Ξεκινήστε με τον δείκτη cladogram για να έχετε τα επιθυμητά αποτελέσματα.