20 εργαλεία ανοιχτού κώδικα μπορούν να βοηθήσουν στην έρευνα για τη θεραπεία του COVID-19

Κυβερνήσεις, επιστήμονες και ερευνητικά ιδρύματα χρησιμοποιούν τεχνολογία και καινοτομία για την αντιμετώπιση του COVID-19.

Εργαλεία ανοιχτού κώδικα έχουν αναπτυχθεί και ορισμένα συνεχίζουν να δοκιμάζονται για να υποστηρίξουν τις προσπάθειες που έχουν αναπτυχθεί για την ελαχιστοποίηση των αποτελεσμάτων αυτού του θανατηφόρου ιού.

Υπάρχει ήδη μια σειρά εργαλείων ανοιχτού κώδικα, τα οποία βοηθούν τους ερευνητές να μάθουν για την ασθένεια, τον εντοπισμό της εξάπλωσης, την πρόληψη της εξάπλωσης και την ελαχιστοποίηση της περαιτέρω εξάπλωσης και των θανάτων. Μια σειρά από έργα είναι διαθέσιμη στο Εκπαιδευτικό Οικοσύστημα που περιγράφει τον τρόπο χρήσης διαφορετικών εργαλείων.

Αυτό το άρθρο εξετάζει ορισμένα από τα εργαλεία και βιβλιοθήκες ανοιχτού κώδικα που χρησιμοποιούνται για την παρακολούθηση, την πρόληψη και τον περιορισμό, τη διάγνωση και τη θεραπεία του COVID-19.

Χάρτης παρακολούθησης COVID-19

Τον Ιανουάριο, το Κέντρο Επιστήμης και Μηχανικής Συστημάτων της JHU ξεκίνησε ένα Παγκόσμιος χάρτης παρακολούθησης COVID-19 που έγινε γρήγορα μια διεθνώς αξιόπιστη πηγή δεδομένων της εξελισσόμενης πανδημίας σε πραγματικό χρόνο.

Ο χάρτης είναι ανοιχτού κώδικα και έχει χρησιμοποιηθεί για την ενίσχυση των προσπαθειών έρευνας και οπτικοποίησης από κορυφαίους οργανισμούς μέσων ενημέρωσης, μικρούς οργανισμούς και τοπικές κυβερνήσεις.

DXY-COVID-19-Crawler

Το DXY-COVID-19-Crawler είναι ένα από τα πρώτα έργα ανοιχτού κώδικα που αναπτύχθηκε για την αντιμετώπιση του COVID-19 τον Ιανουάριο.

Οι προγραμματιστές χρησιμοποίησαν δεδομένα από το DXY.cn, έναν ιστότοπο που χρησιμοποιήθηκε από Κινέζους ιατρούς για την αναφορά και την παρακολούθηση περιπτώσεων. Ανέπτυξαν έναν ανιχνευτή ιστού που συνέλεγε δεδομένα από τον ιστότοπο και τα έκανε διαθέσιμα μέσω ενός API και μιας αποθήκης δεδομένων. Ο κωδικός είναι διαθέσιμος στο Github.

Open Data Kit

Κιτ ανοιχτών δεδομένων (ODK) δεν είναι νέο εργαλείο. Έχει χρησιμοποιηθεί στο παρελθόν κατά τα κρούσματα του Έμπολα στη Δυτική Αφρική το 2004 και το πιο πρόσφατο ξέσπασμα στη Λαϊκή Δημοκρατία του Κονγκό το 2019.

Βοηθά κυρίως τους χρήστες να συλλέγουν, να διαχειρίζονται και να χρησιμοποιούν δεδομένα για την ανίχνευση επαφών, τη στρατηγική χαρτογράφηση, την υποστήριξη αποφάσεων, την ευαισθητοποίηση της κοινότητας και τη διαχείριση υποθέσεων.

Η κοινότητα ODK έχει προχωρήσει περαιτέρω τη χρήση της ως απάντηση στον COVID-19, καθιστώντας διαθέσιμη μια φόρμα αναφοράς στις αναπτύξεις της. Το έντυπο έχει σχεδιαστεί σύμφωνα με το πρωτόκολλο του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας για τη διερεύνηση περιπτώσεων και τον εντοπισμό επαφών και τις έρευνες.

  Πώς να ελέγξετε τα μηνύματα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου για προσβασιμότητα στο Outlook

Οι κύριοι προγραμματιστές προσφέρουν επίσης δωρεάν υποστήριξη για οποιονδήποτε οργανισμό έχει αναπτύξει το ODK ως απάντηση στον COVID-19.

Επόμενο στέλεχος

Επόμενο στέλεχος παρακολουθεί την εξέλιξη των παθογόνων. Έχει χρησιμοποιηθεί προηγουμένως για την επεξεργασία του οικογενειακού ιστορικού μιας νόσου, επιτρέποντας έτσι την πρόβλεψη της εξέλιξης της νόσου.

Έχει χρησιμοποιηθεί με επιτυχία σε προηγούμενες επιδημίες, όπως ο Έμπολα. Μέσω γενετικών δεδομένων από την Παγκόσμια Πρωτοβουλία για την Κοινή χρήση όλων των Δεδομένων Γρίπης (Gisaid), το Nextxtrain χρησιμοποιείται για την αντιμετώπιση του COVID-19.

DHIS2

Μάλλον γνωρίζετε ήδη DHIS2. Είναι το μεγαλύτερο Σύστημα Διαχείρισης Πληροφοριών Υγείας στον κόσμο. Χρησιμοποιείται σε περισσότερες από 70 χώρες. Ως μέρος της απάντησης στον COVID-19, το DHIS2 κυκλοφόρησε ένα πακέτο ψηφιακών δεδομένων που επιταχύνει τον εντοπισμό, την αναφορά, την επιτήρηση και τη θεραπεία της νόσου.

Το πακέτο ψηφιακών δεδομένων DHIS2 χρησιμοποιεί τυπικά μεταδεδομένα που είναι ευθυγραμμισμένα με το πρωτόκολλο του ΠΟΥ για τον ορισμό και την επιτήρηση κρουσμάτων COVID-19 για να επιτρέψει την ταχεία ανάπτυξη και απόκριση.

Pikobar Δυτική Ιάβα

Το Κέντρο Πληροφόρησης και Συντονισμού για Ασθένειες και Καταστροφές της Ινδονησίας είναι ένα κέντρο αντιμετώπισης κρίσεων που δημιουργήθηκε για τον μετριασμό και την αντιμετώπιση του COVID-19 στην επαρχία Δυτικής Ιάβας της Ινδονησίας.

Η ψηφιακή υπηρεσία Jabar, ως μέρος της απάντησης, ανέπτυξε ένα εργαλείο και εφαρμογή ιστού ανοιχτού κώδικα που επιτρέπει στους χρήστες να έχουν πρόσβαση στα πιο πρόσφατα δεδομένα COVID-19.

OpenMRS

Το OpenMRS είναι ένα σύστημα φροντίδας ασθενών που χρησιμοποιείται σε πολλές αναπτυσσόμενες χώρες σε όλο τον κόσμο. Λόγω της ευελιξίας του Σύστημα OpenMRSοι χώρες που είχαν καταπονήσει τους πόρους υγειονομικής περίθαλψης μπορούν να το χρησιμοποιήσουν για παρακολούθηση, έλεγχο και θεραπεία του COVID-19.

Το σύστημα μπορεί να τους βοηθήσει να επεκτείνουν τις δυνατότητές τους παρέχοντάς τους πρόσβαση σε επιστημονικές πληροφορίες για την αντιμετώπιση της κρίσης.

OpenLMIS

ο Έργο OpenLMIS κάνει χρήση μιας τακτικής εστιασμένης στην κοινότητα για την ανάπτυξη ενός συστήματος πληροφοριών ανοιχτού κώδικα και προσαρμόσιμου logistics διαχείρισης. Το σύστημα OpenLMIS επιδιώκει να βελτιώσει την ακρίβεια των δεδομένων, να αυξήσει την υπευθυνότητα, να βελτιώσει την επικαιρότητα και την ορατότητα των δεδομένων.

Το σύστημα OpenLMIS επιδιώκει να βελτιώσει τις αλυσίδες εφοδιασμού για την υγεία, την απογραφή των ιατρικών πόρων για να παρέχει μια σαφή εικόνα των διαθέσιμων ιατρικών προμηθειών, συμπεριλαμβανομένων των κιτ δοκιμών και των ΜΑΠ (εξοπλισμός ατομικής προστασίας). Αυτό το εργαλείο μπορεί να αναπτυχθεί αποτελεσματικά για να υποστηρίξει τους υπεύθυνους λήψης αποφάσεων στην κατανομή πόρων ως απάντηση στον COVID-19.

  Κάντε πιο εύκολες τις φτηνές διεθνείς κλήσεις με αυτές τις 10 εφαρμογές/εργαλεία

Ιστοσελίδες υγείας

ο Παγκόσμιο Έργο Χαρτογράφησης Ιστοσελίδων Υγείας είναι ένα έργο που στοχεύει στη χαρτογράφηση κάθε υγειονομικής εγκατάστασης στον κόσμο και να κάνει τις λεπτομέρειες κάθε νοσοκομείου εύκολα προσβάσιμες. Τα δεδομένα για τις εγκαταστάσεις υγείας έχουν γίνει προσβάσιμα μέσω ενός API.

Σε συνεργασία με τους χρήστες, η ομάδα του healthsites.io καταγράφει και επικυρώνει την τοποθεσία και τα στοιχεία επικοινωνίας κάθε υγειονομικής μονάδας και καθιστά τα δεδομένα ελεύθερα διαθέσιμα και προσβάσιμα μέσω μιας Άδειας Ανοικτών Δεδομένων.

ΣΟΡΜΑΣ

ΣΟΡΜΑΣ (Σύστημα διαχείρισης και ανάλυσης απόκρισης επιδημιών επιτήρησης) είναι ένα κινητό σύστημα ηλεκτρονικής υγείας ανοιχτού κώδικα. Έχει αναπτυχθεί για την εφαρμογή διαδικασιών ελέγχου ασθενειών καθώς και διαχείρισης επιδημιών.

Έχει αναπτυχθεί αποτελεσματικά σε πολλές χώρες, συμπεριλαμβανομένης της Γκάνας, της Νιγηρίας, του Νεπάλ και των Φίτζι, για επιτήρηση και έγκαιρο εντοπισμό του COVID-19.

Το SORMAS είναι ένα δωρεάν σύστημα ανοιχτού κώδικα που ακολουθεί τα πρότυπα προστασίας δεδομένων.

Τόκιο COVID-19

Σε αντίθεση με πολλές άλλες πόλεις και κυβερνήσεις, η Μητροπολιτική Κυβέρνηση του Τόκιο έχει αναπτύξει έναν ιστότοπο ανοιχτού κώδικα που ενημερώνει τους κατοίκους του για τον COVID-19. Καθιστώντας τον ανοιχτό κώδικα, ο ιστότοπος έχει δει συνεισφορές από περισσότερους από 200 χρήστες. Τρεις άλλες πόλεις, η Τσίμπα, το Ναγκάνο και η Φουκουόκα, έχουν αναδημιουργήσει τον ιστότοπο.

OpenELIS

Ο σκοπός του Σύστημα Υγείας OpenELIS είναι η βελτίωση της υγειονομικής περίθαλψης παρέχοντας ένα προοδευτικό, βασισμένο σε πρότυπα σύστημα διαχείρισης εργαστηριακών πληροφοριών που μπορεί να χρησιμοποιηθεί από διάφορες πρωτοβουλίες υγείας για τη βελτίωση των επιλογών θεραπείας.

Το ξέσπασμα του COVID-19 έχει παρουσιάσει μια παγκόσμια πρόκληση για τον εντοπισμό επαφών και τις μαζικές δοκιμές ύποπτων κρουσμάτων. Το σύστημα OpenELIS μπορεί να χρησιμοποιηθεί αποτελεσματικά για την αντιμετώπιση του COVID-19 για τη διευκόλυνση της παρακολούθησης εργαστηριακών δοκιμών και αποτελεσμάτων.

ο Κοινοτική Εργαλειοθήκη Υγείας είναι μια συλλογή εργαλείων ανοιχτού κώδικα καθώς και πόρων ανοιχτής πρόσβασης που στοχεύει στη δημιουργία και ανάπτυξη ψηφιακών εργαλείων για χρήση σε πρωτοβουλίες κοινοτικής υγείας σε περιοχές που είναι δύσκολο να προσεγγιστούν.

Η κοινότητα προγραμματιστών του Community Health Toolkit έχει κινητοποιηθεί για να αναπτύξει εργαλεία και πόρους που στοχεύουν στην υποστήριξη των κοινοτικών εργαζομένων στον τομέα της υγείας για την αντιμετώπιση του COVID-19.

ΑΡΜΟΝΙΚΗ ΚΩΔΩΝΟΚΡΟΥΣΙΑ

ο Μοντέλο επιπτώσεων νοσοκομείων COVID-19 για επιδημίες (CHIME) είναι μια εφαρμογή ανοιχτού κώδικα που αναπτύχθηκε από επιστήμονες δεδομένων στο Penn Medicine – Πανεπιστήμιο της Πενσυλβάνια. Είναι ένα διαδικτυακό εργαλείο που επιτρέπει στα νοσοκομεία να προβλέπουν τον αντίκτυπο του ιού στους πόρους υγειονομικής περίθαλψης.

Αναπτύχθηκε χρησιμοποιώντας Python και την εξάρτηση ανοιχτού κώδικα των pandas.

  Τρόπος παράκαμψης μη εξουσιοδοτημένου μηνύματος συσκευής ADB

Χάρτης φροντίδας COVID

ο Χάρτης φροντίδας COVID βοηθά στη χαρτογράφηση των ήδη υπαρχόντων πόρων υγειονομικής περίθαλψης και στην πρόβλεψη των κενών σε νοσοκομειακά κρεβάτια, αναπνευστήρες, ιατρικές προμήθειες και προσωπικό. Όλες οι μέθοδοι, τα εργαλεία επεξεργασίας δεδομένων, οι απεικονίσεις και ο πηγαίος κώδικας είναι δωρεάν και ανοιχτού κώδικα.

Το έργο COVID Care Map επιδιώκει να προβλέψει και να ενεργήσει για να καλέσει υποστήριξη για την αποτελεσματική φροντίδα του ταχέως αυξανόμενου αριθμού λοιμώξεων COVID-19 και εκείνων που χρειάζονται εντατική θεραπεία.

Locale.ai

Το Locale.ai έχει αναπτύξει μια διαδραστική απεικόνιση ανοιχτού κώδικα όλων των επιβεβαιωμένων περιπτώσεων COVID-19 σε όλο τον κόσμο. Ζητάει το σύνολο δεδομένων ανοιχτού κώδικα από το Πανεπιστήμιο John Hopkins.

Το Locale.ai ανέπτυξε το Ιστότοπος οπτικοποίησης COVID-19 με τη χρήση του Vue.js, το οποίο είναι ένα δημοφιλές πλαίσιο που επιτρέπει στους προγραμματιστές να δημιουργούν σύγχρονες εφαρμογές ιστού.

COVID-19 σε όλο τον κόσμο

Αυτή η εφαρμογή κάνει χρήση μιας απεικόνισης χάρτη για την παρακολούθηση της εξάπλωσης του COVID-19, των επιβεβαιωμένων κρουσμάτων και της εξέλιξης της νόσου σε όλο τον κόσμο. Χρησιμοποιεί δεδομένα από το John Hopkins CSSE.

Ιχνηλάτης κορωνοϊού

Αυτή είναι μια εφαρμογή Shiny που αναπτύχθηκε από τον John Coene. Παρακολουθεί την εξάπλωση του COVID-19 με τη χρήση δεδομένων από John Hopkins, δεδομένα DXY και Weixin. Η εφαρμογή εμφανίζει τον αριθμό των ύποπτων, επιβεβαιωμένων και ανακτημένων κρουσμάτων ανά χρόνο και περιοχή. Ο κωδικός είναι διαθέσιμος στο Github.

Παγκόσμια κρούσματα COVID-19

Παγκόσμια κρούσματα COVID-19 είναι μια γυαλιστερή εφαρμογή που αναπτύχθηκε από τον Christoph Schoenenberger που δείχνει τις εξελίξεις του COVID-19 σε χάρτη, γραφικά, συνοπτικούς πίνακες και εικόνες. Ο κωδικός του είναι διαθέσιμος στο Github.

Κυβερνήσεις και COVID-19

Αυτή είναι μια εφαρμογή Shiny που αναπτύχθηκε από Σεμπάστιαν Ένγκελ-Γουλφ. Χαρτογραφεί την εκθετική αύξηση του COVID-19, τις ημέρες για τον διπλασιασμό των μολύνσεων, τα επιβεβαιωμένα κρούσματα, το ποσοστό θνησιμότητας και τον αριθμό των επιβεβαιωμένων κρουσμάτων ανά 100.000 άτομα σε διαφορετικές περιοχές. Ο κωδικός είναι διαθέσιμος στο Github.

Τυλίγοντας

Η κοινότητα ανοιχτού κώδικα έχει ανταποκριθεί γρήγορα και αποτελεσματικά στην πανδημία COVID-19. Πολλά έργα έχουν κατασκευαστεί και συνεχίζουν να κατασκευάζονται για την αντιμετώπιση της εξάπλωσης της νόσου. Αυτό το άρθρο περιγράφει μερικά από τα έργα. Υπάρχει ακόμη αβεβαιότητα για το πώς θα εξελιχθεί η ασθένεια τις επόμενες εβδομάδες. Περισσότερα έργα που μπορούν να αξιοποιήσουν τις υπάρχουσες τεχνολογίες ανοιχτού κώδικα θα βρουν θέση στον αγώνα κατά αυτής της θανατηφόρας ασθένειας.

Μείνε ασφαλής!

Άρθρο του Δρ. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem